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特爾芯為抗癌出力 發現基因變異速率快3-5倍

發布日期:2014-04-15來源:CNET科技資訊網瀏覽次數:

英特爾公司和布洛德研究所近期聯合宣布了其在研究基因信息、及探測藥物環境下的基因突變領域所取得的新進展。通過英特爾?高級矢量擴展指令集在英特爾至強處理器服務器上對布洛德研究所的最新版基因組分析工具(GATK3.1)的優化,提升了基因分析處理速度,而此次速率的提升,將會顯著加快對癌癥基因樣本、神經退化疾病和心血管疾病等方面的研究進展。

加速基因分析速度

2014年3月26日,英特爾公司和布洛德研究所宣布了長期以來兩者合作在基因研究方面取得的巨大進展。GATK3.1——布洛德研究所的最新版基因組分析工具,通過英特爾?高級矢量擴展指令集在英特爾?至強TM處理器服務器上的優化,其發現基因變異的效率總體提升了3~5倍,這將加速基因研究的科學發現,突破基因研究挑戰。

此次優化,將以往需要3天時間的基因組序列分析縮短到1天之內;此外,GATK3.1現在可支持處理DNA樣本組成的數據,可處理的數據量比以往增加了近100倍。這種速度的提升,將使得那些之前被認為無法實現的新藥研發成為可能,例如癌癥、神經退化疾病和心血管疾病等。

“通過這次和英特爾的里程碑式的合作,我們顯著減少了VariantCaller(GATK中的重要工具之一)的運行時間。”布洛德研究所基因測序與分析小組的組長EricBanks說。

“英特爾與布洛德研究所的專家們通力合作,致力于解決當今最為重大的科學研究所存在計算瓶頸問題。”英特爾公司高級副總裁,數據中心事業部總經理DianeBryant表示,“我們將堅定不移地迎接這些意義重大的挑戰,讓個人化定制藥品對于每一個人來說都成為現實。”

通力合作英特爾技術助推科學研究

作為英特爾和布洛德研究所基因組學平臺合作的一部分,英特爾利用英特爾?高級矢量擴展指令集提高了布洛德研究所GATK軟件的性能。GATK3.1是布洛德研究所新開發的一款用來分析下一代基因重測序數據的軟件包。該軟件在世界上擁有成千上萬的用戶,可為用戶提供種類繁多的工具,致力于發現基因變異和基因分型,并且對數據質量有非常高的保證。GATK憑借其穩健的體系架構,強大的處理引擎和高性能的計算特性讓它夠勝任任何類型的項目。

英特爾?高級矢量擴展指令集為256位擴展指令集,是基于可支持英特爾多類平臺包括筆記本和服務器的英特爾?SSE指令集的擴展。此外,英特爾?高級矢量擴展指令集也為高度計算密集型應用而設計,它大幅提升了應用性能,可更好管理數據,非常適用于如圖像、視頻/音頻處理、科學模擬、財務分析以及3D模型分析等應用。

關于哈佛和麻省理工學院的布洛德研究所

哈佛和麻省理工學院的布洛德研究所成立于2004年,致力于探尋方法來描述生命的分子構成以及它們之間的相互關系,發掘重大人類疾病的分子基礎,為診斷和治療開發新的有效途徑,并且分享其發現的成果、工具、方法和數據。

由洛杉磯的兩位高瞻遠矚的慈善家Eli和EdytheL.Broad連同麻省理工學院、哈佛及其附屬醫院一起成立的布洛德研究所,囊括了來自哈佛和麻省理工學院生物醫學研究院的教授、專業人員和學生以及一些其他機構,并與世界上40多個國家超過100所的私立或公立研究所進行跨越式合作。

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